En ocasiones es necesario hacer una limpieza de todo iptables por las razones que sean, este script lo hace por ti. Solo tienes que ejecutarlo.
#!/bin/bash
iptables -F
iptables -X
iptables -t nat -F
iptables -t nat -X
iptables -t mangle -F
iptables -t mangle -X
iptables -P INPUT ACCEPT
iptables -P FORWARD ACCEPT
iptables -P OUTPUT ACCEPT